O registo e o licenciamento são obrigatórios entre os 3 e os 6 meses de idade, o registo é efectuado uma só vez na vida do animal e deve ter lugar no prazo de 30 dias após a identificação mediante apresentação do boletim sanitário e do original ou do duplicado da ficha de registo de identificação previsto no SICAFE, quando aplicável. 
No caso dos cães para os quais ainda não é obrigatória a identificação electrónica, o registo será efectuado mediante a apresentação do boletim sanitário de cães e gatos. 
Os detentores de cães que já se encontram registados na junta de freguesia e aos quais ainda não seja aplicável a identificação electrónica nos termos do SICAFE, dispõem do prazo de 30 dias, após passarem a ser abrangidos por aquela obrigatoriedade, para actualizarem o respectivo registo mediante apresentação dos documentos mencionados no Regulamento de Registo. 
No caso dos gatos, o registo só se torna obrigatório quando também for obrigatória a sua identificação electrónica. 
A falta de comunicação de morte, desaparecimento ou transferência de propriedade dos animais, à junta de freguesia, é passível de presunção de abandono punível pelo Decreto-Lei nº 312/2003 de 17 de Dezembro. 
O licenciamento na junta de freguesia é anual mediante exibição de documentação variável de acordo com a categoria do animal a licenciar. A primeira licença é obtida juntamente com o registo do animal. 
As licenças e as suas renovações anuais só são emitidas mediante a apresentação dos seguintes documentos: 
a) Boletim Sanitário de Cães e Gatos; 
b) Prova de identificação electrónica, quando seja obrigatória, comprovada pela etiqueta com o número de identificação alfa numérico no boletim sanitário de cães e gatos; 
c) Prova da realização dos actos de profilaxia médica declarados obrigatórios para esse ano, comprovada pelas respectivas vinhetas oficiais, ou atestado de isenção dos actos de profilaxia médica emitido por médico veterinário; 
d) Exibição da carta de caçador actualizada, no caso dos cães de caça; 
e) Declaração dos bens a guardar, assinada pelo detentor ou pelos seus representantes, no caso dos cães de guarda. 
Para a emissão da licença e das suas renovações anuais, os detentores de cães perigosos ou potencialmente perigosos deverão, além dos documentos referidos anteriormente, apresentar os que para o efeito são exigidos por lei especial. 
São licenciados como cães de companhia os canídeos cujos detentores não apresentem carta de caçador ou declaração de guarda de bens, ou prova de cão guia. 
A taxa devida pelo registo e licenciamento de canídeos é aprovada pela assembleia de freguesia e cobrada pela respectiva junta de freguesia, devendo ter por referência o valor da taxa N de profilaxia médica para esse ano, não podendo em regra exceder o triplo daquele valor e variando de acordo com a categoria do animal. Para o presente ano o valor da taxa N de profilaxia médica é de 4.40 Euros (Despacho Conjunto n.º 114/2004 de 11 de Fevereiro, publicado no Diário da Républica II Série de 3 de Março) 
A junta de freguesia, ao proceder ao registo e ao licenciamento dos cães e gatos, colocará um selo ou carimbo no espaço para isso reservado no Boletim Sanitário de Cães ou Gatos, após emissão de recibo referente ao valor da taxa cobrada. 
No caso dos animais que à data da entrada em vigor do presente diploma já se encontrem identificados electronicamente e estejam incluídos em bases de dados já existentes, os seus detentores ficam dispensados de proceder ao respectivo registo, desde que a informação constante daquelas bases de dados seja transferida para a base de dados nacional (ainda em fase de negociação). 
A transferência do titular do registo é efectuada na junta de freguesia, que procederá ao seu averbamento no Boletim Sanitário de Cães e Gatos, mediante requerimento do novo detentor. 
Compete à junta de freguesia efectuar as actualizações na base de dados nacional. 

Está em funcionamento a base de dados SICAFE, trata-se de uma base de dados nacional na qual é coligida a informação relativa ao animal e ao detentor constante das fichas de registo que forem presentes às juntas de freguesia para aquele efeito. 
Assim, são coligidas as seguintes informações a partir da Ficha de Registo: 
- Nº de ordem da Ficha de Registo; 
- Nº de identificação do animal; 
- Espécie; 
- Raça; 
- Sinais particulares; 
- Sexo; 
- Data de nascimento; 
- Nome do detentor; 
- Morada do detentor; 
- Código postal; 
- Freguesia; 
- Município. 
Também são coligidas as seguintes informações no âmbito do Regulamento de Registo, Classificação e Licenciamento de Cães e Gatos: 
- Categoria do animal; 
- Data do licenciamento; 
- Data do desaparecimento; 
- Data da morte; 
- Data da transferência de titular do registo; 
- Data de mudança de residência; 
- Data de extravio do boletim sanitário de cães e gatos. 
Informações a coligir para animais perigosos ou potencialmente perigosos: 
- Data de incidente de agressão; 
- Local. 

Foram acrescentadas novas categorias de classificação, passando agora a classificar-se nas seguintes categorias: 
A – Cão de companhia; 
B – Cão com fins económicos; 
C – Cão para fins militares; 
D – Cão para investigação científica; 
E – Cão de caça; 
F – Cão guia; 
G – Cão potencialmente perigoso; 
H – Cão perigoso; 
I – Gato.